Penggunaan sanksi pidana di dalam Undang-Undang Nomor 16 tahun 2009 Tentang Ketentuan Umum Tata Cara Perpajakan, menimbulkan permasalahan hukum dalam tataran konseptual. Bahwa Hukum Pajak merupakan bagian dari Hukum Administrasi Negara membutuhkan upaya paksa bagi wajib pajak, yang pada prinsipnya merupakan suatu bentuk kriminalisasi terhadap perilaku administratif. Parameter tindak pidana perpajakan hanya dibatasi dengan unsur kealpaan dan kesegajaan yang penerapannya didasarkan kepada diskresi dari institusi yang berwenang. Sehingga memunculkan perilaku transaksional dalam tataran praktis. Oleh karena itu prinsip ultimum remedium, menjadi sangat penting untuk menghindari penggunaan diskresi yang sewenang-wenang. Sehubungan dengan hal tersebut terdapat beberapa permasalahan yang menarik untuk dikaji antara lain bagaimanakah penegakan hukum oleh Penyidik Pegawai Sipil Direktorat Jenderal Pajak terhadap wajib pajak yang melakukan tindak pidana perpajakan ? dan bagaimanakah penerapan sanksi pidana pajak sebagai ultimum remedium dalam Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2009 Tentang Ketentuan Umum Tata Cara Perpajakan ?
Pembahasan tesis ini penulis menggunakan metode penelitian yuridis normatif yang bertujuan untuk mencari asas-asas dan dasar-dasar falsafah hukum positif, serta menemukan hukum secara in-concreto Spesifikasi penelitian ini adalah deskriptif analitis, yaitu tidak hanya menggambarkan permasalahan saja, melainkan juga menganalisis melalui peraturan yang berlaku dalam hukum pidana. Teknik pengumpulan data dilakukan melalui studi kepustakaan serta penelitian lapangan untuk mengumpulkan data primer dan sekunder.
Hasil penelitian menyimpulkan bahwa penegakan hukum oleh Penyidik Pegawai Negeri Sipil Direktorat Jenderal Pajak terhadap Wajib Pajak yang melakukan tindak pidana perpajakan berdasarkan ketentuan Undang-Undang Nomor 16 tahun 2009 Tentang Ketentuan Umum Tata Cara Perpajakan menimbulkan ironi, karena dalam Undang-Undang Nomor 16 tahun 2009 Tentang Ketentuan Umum Tata Cara Perpajakan terdapat diskresi yang besar oleh Direktorat Jenderal Pajak, dalam hal ini Penyidik Pegawai Negeri Sipil, untuk menentukan apakah suatu pelanggaran (dalam hal ini tidak pidana pajak) patut dikenakan sanksi administrasi administrasi atau sanksi pidana. Pemberian sanksi pidana di dalam Undang-Undang Nomor 16 tahun 2009 tentang Ketentuan Umum Tata Cara Perpajakan seharusnya selain mengedepankan kepentingan Negara, pula mengedepankan kepentingan dari wajib pajak, khususnya wajib pajak badan, karena penerimaan bagi negara akan bermanfaat bagi seluruh masyrakat Indonesia, dibandingkan menerapkan pemidanaan. Pembinaan dalam hukum pajak seharusnya sebagai altalternativerakhir dalam penerapan hukum (asas ultimum remedium).