Fungsi sanksi pidana penjara adalah sebagai upaya terakhir tegaknya hokum administrasi Undang-Undang Perpajakan setiap Wajib Pajak yang menyampaian laporan pajak melalui Surat Pemberitahuan Pajak (SPT) yang berisi tidak benar dan tidak lengkap, berdasarkan ketentuan Pasal 39 saqmpai dengan Pasal 39A diberikan sanksi pidana, baik pidana penjara maupun pidana kurungan . Pokok permasalahan hukumnya adalah bagaimanakah efektivitas sanksi pidana yang diatur Pasal 39 sampai dengan Pasal 39A Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 16 tahun 2009 tentang Perubahan Undang-Undang Ketentuan Umum dan tata cara Perpajakan dan mengapa sanksi pidana penjara bagi pelaku tindak pidana perpajakan dapat dihapuskan setelah dilakukan pembayaran pajak terutang.
Jenis penelitian yang diguna adalah penelitian deskriptif, yaitu mengkaji masalah penerapan sanksi pidana penjara bagi pelaku tindak pidana di bidang perpajakan. Metode pendekatan yang digunakan dalam penelitian ini adalah yuridis normatif, yaitu menetapkan standar atau norma tertentu terhadap suatu fenomena penerapan sanksi pidana penjara yang belum efektif dengan mengkali data sekunder. Penelitian hokum normatif merupakan penelitian kepustakaan yaitu menkaji data sekunder yang berkaitan mengenai penerapan sanksi pidana penjara bagi pelaku tindak pidana di bidang perpajakan. Penelitian ini lebih menekan kepada penelitian data sekunder atau data kepustakaan. Sungguhpun demikian untuk menunjang dan melengkapi data sekunder, maka dilakukan penelitian data primer atau data lapangan. Penulis menggunakan metode kualitatif yuridis.
Hasil penelitian tesis ini dapat ditarik kesimpulan bahwa belum efektifnya penerapan sanksi pidana bagi pelaku tindak pidana di bidang perpajakan sebagai upaya hokum terakhir tegaknya hokum administrasi pajak sebagai usaha untuk mendorong penerimaan pendapatan Negara melalui pemungutan pajak, demi tujuan kepentingan Negara untuk meningkatkan penerimaan pendapatan Negara Jaksa Agung dapat melakukan penghentian penyidikan dan menghapuskan sifat dan sanksi pidana penjara bagi pelaku tindak Pidana di Bidang Perpajakan setelah Pembayaran Utang Pajak Oleh Wajib Pajak atau Penanggung Pajak berdasarkan Pajak Pasal 44B Undang-Undang Nomor 16 tahun 2009 tentang Ketentuan Umum dan tata cara perpajakan.