Sistem peradilan militer di Indonesia lebih menganut system yang bersifay umum yaitu berwenang mengadili kejahatan umum dan kejahatan sipil. Namun demikian yurisdiksi peradilan militer tersebut tidak murni lagi seperti penggolongan yang pertama. Hal ini terjadi setelah lahirnya Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan HAM dimana berdasarkan ketentuan tersebut kejahatan HAM Berat yang dilakukan oleh Prajurit TNI diadili oleh Pengadilan HAM.
Rencana DPR untuk merubah system peradilan militer dengan membatasi yurisdiksi peradilan militer hanya terbatas mengadili kejahatan militer menimbulkan pro dan kontra, dimana masing-masing mempunyai alas an yang berbeda. Pertama, bagaimana kedudukan dan yurisdiksi peradilan militer di Indonesia setelah ditetapkannya Undang-Undang Nomor 4 tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman. Kedua, bagaimanakah kedudukan asas-asas militer yang merupakan bagian dan asas-asas militer yang merupakan bagian dan asas-asas peradilan militer seperti asas kesatuan komando, asas komandan bertanggungjawab terhadap anak buahnya dan asas kepentingan militer, apabila prajurit yang melanggar tindak pidana umum diadili pada peradilan umum, Ketiga, sistem Peradilan Militer yang bagaimanakah yang seyogiyanya diterapkan di Indonesia.
Teori yang digunakan untuk mengkaji permasalahan diatas terdiri dari tiga teori. Pertama, teori tentang pemisahan kekuasaan yang dikemukakan oleh Montesquieu dengan teorinya bernama Trias Politica, dimana kekuasaan dipisahkan menjadi tiga cabang, yaitu cabang kekuasaan legislative, cabang kekuasaan eksekutif atau administrative, dan cabang kekuasaan yudikatif, Kedua, adalah teori Lawrence M. Friedman tentang sistem hokum. Menurut Friedman, ada tiga elemen sistem hokum dalam suatu Negara, yaitu struktur (structure), substansi (substance) dan budaya hokum (legal culture). Ketiga, teori yang dikemukakan dalam bukunya Bernhard Grossfeld berjudul “The Strength and Weakness of Comparative Law.” Dikatakan bahwa tiap kebudayaan mempunyai hukumnya sendiri dan tiap hokum mempunyai individualitasnya sendiri (Every culture has its particular law, and every law has an unique individuality).
Setelah ditetapkannya UU No.4 Tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman dimana Peradilan Militer berada di bawah kekuasaan Mahkamah Agung, yang sebelumnya sepenuhnya berada di bawah Markas Besar TNI membuat peradilan militer semakin independen dan imparsial, terbebas dari campur tangan komando, Kedua, Bahwa asas-asas peradilan militer yaitu asas kesatuan komando, asas komandan bertanggungjawab terhadap anak buahnya dan asas kepentingan militer merupakan asas yang harus ada dalam sistem peradilan militer selain asas umum yang terdapat dalam peradilan umum, Ketiga, bahwa sistem peradilan militer yang seyogiyanya diterapkan di Indonesia adalah sistem peradilan militer yang sesuai dengan budaya militer Indonesia berdasarkan Undang-undang Nomor 4 Tahun 2004 tentang kekuasaan Kehakiman. Undang-undang Nomor 31 tahun 1997 tentang Peradilan Militer dimana Peradilan Militer masih tetap mempunyai yurisdiksi untuk mengadili kejahatan militer dan kejahatan umum.