Tindak pidana desersi in absentia adalah tindak pidana yang dilakukan oleh seorang militer aktif yang meninggalkan dinas tanpa ijin Komandan Kesatuan lebih dari tiga puluh hari secara berturut-turut dan telah dilakukan pencarian namun hasilnya tidak diketemukan dan tidak diketahui lagi keberadaannya, sehingga untuk memberikan kepastian hukum penyelesaian perkara tindak pidana desersi, pemeriksaannya dilakukan secara in absentia. Adapun permasalahan sebagai berikut : Bagaimana penerapan Pasal 143 Undang-Undang Nomor 31 tahun 1997 terhadap perkara desersi in absentia dihubungkan dengan asas peradilan yang sederhana, cepat dan biaya ringan ? serta bagaimana kendala dalam penanganan tindak pidana desersi secara in absentia di Pengadilan Militer ?
Metode pendekatan yang digunakan penulis dalam penelitian ini adalah yuridis empiris menggunakan seskriptif analisis, yaitu meneliti dan memberikan gambaran yang terperinci serta menganalisa kepastian hukum dalam pemeriksaan perkara in absentia terhadap tindak pidana desersi, sehingga dalam menganalisa data, penulis menggunakan metode analisis normatif kualitatif.
Hasil penelitian menunjukkan kepastian hukum dalam pemeriksaan perkara secara in absentia terhadap tindak pidana desersi tidak harus menunggu enam bulan, karena penerapan Pasal 143 Undang-Undang Nomor 31 tahun 1997 dilapangan terjadi perbedaan penafsiran tentang batas waktu penyelesaian perkara, ada yang lebih dari enam bulan da nada yang kurang dari enem bulan, sehingga menyebabkan tidak adanya keseragaman dalam kepastian hukum, untuk itu diperlukan adanya SEMA yang mengatur tindak pidana desersi secara in absentia dengan batas waktu tiga bulan serta upaya pemanggilan dilakukan tiga kali berturut-turut secara sah diperkuat dengan surat keterangan dari Komandan Kesatuan untuk keseragaman kepastian hukum serta mewujudkan asa peradilan yang sederhana, cepat dan biaya ringan.